Un día como hoy en 1881 se produce la batalla de Miraflores, conflicto bélico entre las fuerzas chilenas y peruanas durante la campaña de Lima en el marco de la Guerra del Pacífico.
En este combate, el ejército chileno, al mando del General Manuel Baquedano, apoyado por tres buques de la armada chilena, derrotó a las fuerzas atrincheradas en parte de la segunda línea defensiva peruana en Miraflores, dirigida por Nicolás de Piérola.
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Luego de dos días de lucha constante y defensa de la patria, el ejército chileno entró a la ciudad de Lima. A pesar que esta batalla fue más corta, con menor fuerza entre los contendientes y menor número de bajas que la batalla de San Juan y Chorrillos, es recordada por los testimonios de sus combatientes sobrevivientes, quienes siendo menos en número, lucharon y muchos dejaron la vida por su país.
Es importante mencionar que la batalla fue algo casual pues ambos bandos estaban en tregua hasta la medianoche y el ejército chileno estaba ordenando sus fuerzas delante de la línea peruana.
Según los textos, aparentemente empezaron las fuerzas peruanas porque los chilenos estaban muy cerca, aprovechando el momento para disparar contra el general Manuel Baquedano, lo que ocasionó el fatal desenlace.
Juan Alfaro participó en toda la campaña del "Huáscar" cuyas hazañas constituyeron asombro a nivel mundial. El 08 de octubre de 1879, el Huáscar sucumbe ante la escuadra chilena, su comandante Miguel Grau, y varios oficiales fallecen en el combate de Angamos. Él resultó herido.
Fue designado por el teniendo Gárezon para poner las marcas correspondientes a los cadáveres de Elías Aguirre, José Melitón Rodríguez y Diego Ferre.
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Fue prisionero, por lo que permaneció en San Bernardo en Chile hasta fines de diciembre de 1879, que regresó al Callao por un canje con prisioneros chilenos. El 04 de agosto de 1880 contrae matrimonio con María Carmela Roldán Bedoya con quien tuvo una hija, Consuelo Alfaro Roldán.
En vista de que el enemigo se acercaba a la capital peruano, decide dejar a su esposa embarazada y se enrola en el Batallón N° 8 de la Reserva, y con el grado de capitán Guarnecía el reducto N° 5 donde rindió su vida un 15 de enero de 1881 con apenas 26 años de edad.