INS identifica nuevo sub-linaje P.1.12 de la variante Gamma con genomas peruanos

Tras el Primer Congreso Científico COVID-19, se anunció que el equipo de vigilancia genómica del Instituto Nacional de Salud (INS) del Ministerio de Salud (Minsa) identificó un nuevo sub-linaje de la variante Gamma (P.1) llamado “P.1.12”, el cual está compuesto, en su mayoría, por genomas peruanos.

Ante ello, los biólogos moleculares del INS realizaron una revisión exhaustiva de cientos de genomas secuenciados del virus, y posteriormente hicieron un análisis filogenético y bioinformático para agrupar los diferentes genomas.

Por ello, reconstruyeron un árbol de relaciones genéticas entre los 689 genomas secuenciados de la variante Gamma procedentes de Perú, entre los meses de mayo y agosto 2021, y los compararon con las otras secuencias de esta variante a nivel global usando la base de datos internacional GISAID (https://www.gisaid.org/), notando que algunas secuencias no estaban adecuadamente clasificadas según el sistema internacional PANGO, y podían ser agrupadas en un nuevo grupo específico (clado) con mutaciones similares.

Además, los hallazgos fueron enviados al comité PANGO que designa la nomenclatura de los clados, proponiendo un nuevo sub-linaje el 7 de setiembre del 2021. El comité aceptó la propuesta y denominó al nuevo sub-linaje de la variante Gamma como P.1.12 el día jueves 23 de setiembre, como se aprecia en https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/212.

Asimismo, este clado, compuesto por genomas peruanos en su mayoría, presenta dos mutaciones en la proteína espiga (N679K, R246G) y dos mutaciones en la región ORF3a (S74F y T151I).  Hay 329 genomas depositados en GISAID con este sub-linaje, y provienen de países como Perú (287), USA (26), Chile (10), Italia (3), Suiza (1), Puerto Rico (1) y Ecuador (1).

En el Perú, este sub-linaje está presente en 18 regiones como Lima (117), Loreto (104), Callao (12), San Martin (12), Ica (10), Huánuco (5), Apurímac (4), Junín (4), La Libertad (3), Ucayali (3), Ayacucho (2), Cajamarca (2), Lambayeque (2), Pasco (2), Piura (2), Áncash (1), Arequipa (1) y Cusco (1). La fecha de surgimiento de este sub-linaje ha sido estimada por métodos bioinformáticos alrededor del 26 de febrero de 2021. Junto con P.1, P.1.1, P.1.2, P.1.3, P.1.4, P.1.7 y P.1.10 se une al grupo de sub-linajes Gamma circulantes en el Perú.

Cabe señalar que, el Ministerio de Salud destaca la labor de los biólogos moleculares del equipo de vigilancia genómica del Instituto Nacional de Salud, quienes trabajan incansablemente para seguir la pista a las variantes del SARS-CoV-2 que circulan en nuestro territorio.